蓝藻是地球上最早出现的生物之一，亿万年来，蓝藻默默地为地球提供着氧气，是目前地球大气圈的主要缔造者之一，在地球生物多样性的形成过程中，起着关键的作用。蓝藻具有双重性，一个是光合作用，因为它带有叶绿素，从这个角度看它是一种植物；另外它比较微小，是一种细菌。所以它是植物性和细菌性的结合体。蓝藻虽然能进行光合作用，但它和植物的不同点更多，所以目前大部分学者还是主张将蓝藻从植物中分离出来，列入原核生物。蓝藻是生命力最旺盛的生物之一，它能存在于90℃高温的温泉中，也能存在于冰山里，它的细胞外有一层很厚的胶质，可以抵抗外界的冷热刺激。蓝藻家族成员众多，既有“好蓝藻”，也有“坏蓝藻”。好蓝藻如国家一级重点保护植物发菜，而著名的蛋白质补充剂螺旋藻，则是螺旋藻属的著名成员。“坏蓝藻”的典型是微囊藻属的蓝藻，正是它们，将河水与湖水染成蓝绿色的“水华”，并散发出阵阵恶臭。
蓝藻爆发主要存在于静止的水体中，中国湖泊富营养化问题严重，生长蓝藻明显。一说起水体的富营养化，人们通常会立即联想到工业污染。工业污染大家比较容易发现，而农业污染则不太为公众熟悉，可也比较严重。此外，生活污染也加快了富营养化。蓝藻需要的营养物质比较多，一般水里的氮都比较多，其他营养也都够用，就是磷比较缺。一旦水体中出现大量的磷，蓝藻的爆发就自然而然了，所以磷是一种具有决定性意义的因素。其次，适宜的温度也是引起蓝藻大量繁殖的一个很重要因素。最常见的蓝藻在亚热带地区的25℃－35℃温度下繁殖较多。而今年的蓝藻大爆发同样也有着温度的促进，大气变暖是肯定的促因之一。
蓝藻中的微囊藻、鱼腥藻及颤藻会产生微囊藻毒素。这些毒素通常存在于蓝藻的细胞膜里，所以蓝藻活着的时候没事，待其死亡腐败时，细胞膜破裂，藻毒素就释放到了水里。动物实验表明微囊藻毒素可能让小鼠致癌，但这一情况对人体的影响目前还不清楚。在目前已经检定出的微囊藻毒素中，微囊藻毒素－LR是最常见、毒性也最强的一种，因而世界卫生组织将微囊藻毒素－LR作为饮用水质量测定标准的项目之一。另外，蓝藻腐烂时会释放出异臭。
